منذ العام 1961م كانت القوات البحرية وهي في بداية عهدها تعتمد في تأهيل وتدريب ضباطها على الكليات والمعاهد الصديقة والشقيقة ولاستدامة هذا الرفد للضباط ولضرورة الاعتماد على الذات كان قرار إنشاء الأكاديمية البحرية التي رأت النور باستقبال الدفعة الأولى بحرية (43) برية وهي الآن في رتبة المقدم وتوالت الدفعات وانتظم رفد القوات البحرية بالضباط حسب الخطة المطلوبة سنوياً وهي اليوم تخرج الدفعة (14) بحرية بعد عشرين عاماً من العطاء والتجديد والتطوير إنه عز الرجال والإصرار علي أن تكون إضافة للبحريات العالمية وعدتنا لأصدقائنا وأشقائنا في تبادل الخبرات والمعارف. 
إن إنشاء الأكاديمية البحرية السودانية في 1993م كان ثمرة جهد للرعيل الأول للقوات البحرية السودانية وجاءت هذه الفكرة بعد دراسات وحصيلة للمشورة المتواصلة لذوي الرأي وممن يهمهم موضوع قيام أكاديمية بحرية بالسودان من المؤسسات ذات الصلة بالمجال البحري. لقد كان الهدف الرئيسي لإنشاء الأكاديمية البحرية السودانية هو تخريج ضابط بحري للعمل في القوات البحرية السودانية بكفاءة قتالية واستعداد قتالي وكان هذا هو الهم الأول وقتها وما يزال هو الاحتراف أولاً وليس الاعتراف. 
جاءت نشأت وبداية الأكاديمية البحرية قوية يكسوها الحماس والاندفاع والمسؤولية والهمم العالية من قبل إدارتها وهيئة تعليمها.