تم إنشاء تخصص هندسة الطيران منذ افتتاح كلية الهندسة بأكاديمية كرري للتقانة عام 1994م واستهلت الدراسة في ذلك الوقت في كل من قسم الهندسة الميكانيكية وقسم الهندسة الكهربائية حيث كان هذا التخصص يمثل أحد التخصصات في كل من القسمين واستمر حتى عام 2008م.صدر القرار بإنشاء قسم هندسة الطيران رغبة في تحقيق متطلبات توطين صناعة الطيران بالسودان واستجابة للحاجة الملحة للقوات الجوية السودانية وهيئة التصنيع الحربي للكوادر الهندسية على مستوى علمي رفيع في جميع تخصصات هندسة الطيران التي تحتاجها وكان ذلك في الثامن عشر من مايو عام 2008م.
يضم قسم هندسة الطيران حالياً ثلاثة أجنحة هي جناح ميكانيكا الطائرات (هيكل ومحرك)، وجناح نظم كهرباء الطائرات وجناح تسليح الطائرات، ويكون الاختيار للدراسة بالقسم ببرامجه الثلاثة متاحاً اعتباراً من السنة الثانية.