قسم الهندسة الكيميائية يعنى بتأهيل الطلاب في مجال تصميم وتشغيل العمليات الصناعية ومصانع المواد الكيميائية من خلال دراسة مقررات انتقال المادة وانتقال الحرارة وتصميم المعدات وتصميم المفاعلات والتحكم في العمليات الصناعية وتصميم المنشآت الصناعية، ويشمل القسم إلى جانب الهندسة الكيميائية العامة للطلبة المدنيين مجال هندسة إنتاج وتحليل المواد المتفجرة والذخائر كتخصص يتميز به القسم على أمثاله في الجامعات الأخرى ويدرس هذا التخصص للطلبة العسكريين. وفي مستوى الماجستير يقدم القسم إلى جانب تخصص التقنية الحديثة – المتفجرات والذخائر – تخصص البتروكيماويات برنامج الدكتوراه في الهندسة الكيميائية تكون بالكورسات والبحث (كبرنامج متميز لا يوجد في الجامعات الأخرى بالسودان حتى الآن) أو البحث الكامل.
الجدير بالذكر أن قسم الهندسة الكيميائية ولجميع المستويات بكالوريوس – ماجستير – دكتوراه يقبل العسكريين والمدنيين.